Wirus SARS-CoV-2

Wirus SARS-CoV-2 (obraz z mikroskopu elektronowego)

By NIAID – https://www.flickr.com/photos/niaid/49534865371/
CC BY 2.0, https: //commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=87484997

Systematyka Grupa Grupa IV ((+)ssRNA) Rząd nidowirusy Rodzina koronawirusy Rodzaj beta-koronawirus Cechy wiralne Skrót SARS-CoV-2 Kwas nukleinowy RNA Nagi kwas nukleinowy Tak Rezerwuar człowiek, nietoperze Wywoływane choroby COVID-19

Wizualizacja wirusa SARS-CoV-2 

By CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM – This media comes from the Centers for Disease Control and Prevention’s Public Health Image Library (PHIL), with identification number #23312.

Wirus SARS-CoV-2 (od ang. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) – wirus należący do rodziny koronawirusów, z pojedynczą nicią o dodatniej polaryzacji ssRNA(+) , powodujący chorobę COVID-19. Jest to siódmy znany gatunek z tej rodziny wirusów powodujący zachorowania u ludzi.

Pierwsze przypadki zakażeń ludzi tym wirusem odnotowano pod koniec 2019 roku w Wuhanie w środkowych Chinach. Pierwsze zarażenie miało miejsc w dniu 17 listopada 2019 r., zarażonym był 55-letni mężczyzna, mieszkaniec Wuhan. Istnieją przypuszczenia, że źródłem, z którego wirus mógł się rozprzestrzenić, był targ rybny Huanan, gdzie sprzedawane były zarówno dzikie zwierzęta, jak i owoce morza . Wirus przenosi się drogą kropelkową, a u niektórych chorych wywołuje ciężkie zapalenie płuc .

Odkrycie
Zachorowania powodowane niezidentyfikowanym wirusem rozpoczęły się w listopadzie 2019 . Odnotowano wówczas grupę pacjentów cierpiących na zapalenie płuc nieznanej etiologii. Zachorowania te udało się powiązać z miejscem sprzedaży owoców morza w Wuhanie w chińskiej prowincji Hubei, gdzie handlowano też żywymi zwierzętami . Ostatniego dnia roku Chińskie Centrum Kontroli i Prewencji Chorób (CCDC, od ang. Chinese Center for Disease Control and Prevention; chiń. 中国疾病预防控制中心) wysłało tam zespół mający wspomóc lokalne władze. Przeprowadzono dochodzenie epidemiologiczne mające ukazać przyczynę zachorowań. Udało się wykluczyć koronawirusy powodujące SARS i MERS, wirusy wywołujące grypę ludzką i ptasią, a także inne popularne wirusy powodujące infekcje dróg oddechowych . 7 stycznia 2020 potwierdzono oficjalnie, że zachorowania powoduje nowy wirus z rodziny koronawirusów, nazwany roboczo 2019-nCoV , a 5 dni później dysponowano już jego zsekwencjonowanym genomem . W nabłonku dróg oddechowych trzech pacjentów udało się bowiem wykryć i wyizolować wirusa, którego genom cechował się dużym podobieństwem (identyczne w 85%) do beta-koronawirusów linii B izolowanych wcześniej z nietoperzy – bat SARS-like CoV (bat-SL-CoVZC45, MG772933.1) .

Budowa molekularna

Budowa wewnętrzna SARS-CoV-2

By https: //www.scientificanimations.com – https://www.scientificanimations.com/wiki-images/, CC BY-SA 4.0, https: //commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=86436446

Organizacja genomu
SARS-CoV-2 jest wirusem osłonkowym, którego genom stanowi jednoniciowe RNA o dodatniej polarności . Każdy wirion SARS-CoV-2 ma kształt zasadniczo kulisty, choć nieco pleomorficzny, o średnicy 60–140 nm. Otoczony jest wyraźnymi wypustkami (ang. spikes) o długości 9–12 nm, nadającymi mu wygląd podobny do korony słonecznej. Na dzień 13 marca 2020 roku przeprowadzono przynajmniej 75 kompletnych analiz genomu izolatów wirusa SARS-CoV-2 . Długość genomu wynosi od 29867 do 29903 nukleotydów (dokładna liczba zależy od źródła i wynosi przykładowo 29891 lub 29903 ), co czyni go, podobnie jak w przypadku innych koronawirusów, jednym z największych wirusów RNA, zarówno pod względem długości genomu, jak i rozmiaru wirionu .

Podobnie jak inne koronawirusy, SARS-CoV-2 posiada cztery białka strukturalne :

S (ang. spike) – białko fuzyjne lub glikoproteina powierzchniowa – odpowiedzialne za interakcję z receptorem na powierzchni komórek.
E (ang. envelope) – białko płaszcza – odpowiedzialne m.in. za formowanie wirionów.
M (ang. membrane) – białko błonowe lub membranowe – główne białko macierzy wirusa.
N (ang. nucleocapsid) – białko nukleokapsydu – pełniące funkcję ochronną dla dużej cząsteczki RNA oraz uczestniczące w modyfikacji procesów komórkowych i replikacji wirusa.
Białko N utrzymuje genom RNA, a białka S, E i M tworzą razem otoczkę wirusa. Białko S jest odpowiedzialne za łączenie z błoną komórki gospodarza . Glikoproteinę S funkcjonalnie różnicuje się na podjednostki S1 i S2. Podjednostka S1 pośredniczy w wiązaniu z receptorem powierzchniowym komórki gospodarza, a podjednostka S2 pośredniczy w fuzji z jej błoną komórkową i następnie wirus dostaje się do komórki poprzez endocytozę .

Porównanie białka S genomu SARS-CoV-2 z dwoma innymi izolatami wirusów pochodzących od nietoperzy: bat-SL-CoVZC45 i bat-SL-CoVZXC21 pokazuje niską, 75% zgodność. Szczególnie duże różnice wykazuje sekwencja nukleotydowa kodująca podjednostkę S1 w SARS-CoV-2 (zgodność w 68%), co czyni ją bardziej zbliżoną do odpowiedniej sekwencji nukleotydowej SARS-CoV. Można na tej podstawie wywnioskować, że SARS-CoV i nowy koronawirus wykorzystują ten sam receptor komórkowy, enzym konwertazy angiotensyny 2 (ACE2) . Zostało to udowodnione eksperymentalnie, jak opisano w dalszej sekcji patogeneza.

Filogenetyka
Sekwencje koronawirusa SARS-CoV-2 wykazują podobieństwa do beta-koronawirusów znalezionych u nietoperzy . Wirus ten jest jednak genetycznie odmienny od innych koronawirusów, jak koronawirus związany z SARS i koronawirus związany z MERS .

Wyizolowano i opisano pięć genomów nowego koronawirusa, w tym :

BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019
BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020
BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019
BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019
BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019.
Informacje genomowe
Identyfikator genomu NCBI MN908947
Rozmiar genomu 30473 zasady
Rok ukończenia 2020
Objawy infekcji

Objawy SARS-CoV-2 z zaznaczonymi miejscami występowania
Opisano serię przypadków osób zainfekowanych wirusem w Chinach. Pacjenci zgłaszali gorączkę i kaszel. Po czterech dniach u jednego z nich kaszel się nasilił, za to gorączka spadła. Z pierwszych trzech opisanych przypadków dwóch wyzdrowiało, stan jednego się pogorszył. Doszło do konieczności użycia wentylacji mechanicznej; leczenie zakończyło się zgonem.

Badania krwi często wykazywały małą liczbę białych krwinek (leukopenia i limfopenia) .

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany. Wymagane pola są oznaczone *